Окончил Казанскую государственную консерваторию (дирижерско-хоровой факультет), ассистентуру-стажировку при консерватории по специальности оперно-симфоническое дирижирование, прошел стажировку в Большом театре у Ф. Мансурова.
Профессионально-концертная деятельность Рустэма Заляя, как дирижёра, началась в 1987 году. За период работы (1996-2006 гг.) им было создано более десяти концертных программ. Наряду с исполнением сложных симфонических партитур, среди которых симфонии П. Чайковского, Г. Малера, дирижёр много внимания уделяет пропаганде музыки татарских композиторов – С. Сайдашева, А. Ключарёва, Б. Мулюкова, Н. Жиганова. Одним из приоритетов своего творчества Р. Заляй считает приобщение детей и юношества к симфонической музыке.
В 2005 году за вклад в международные культурные связи он стал почётным членом-корреспондентом Международной Академии информатизации.